La vittoria di Belalcázar mise la regione al servizio del vicereame del Perù. A causa della distanza da Lima e da Santo Domingo, la corona spagnola capì che la zona recentemente colonizzata aveva bisogno di un proprio governo, così che giunse l'ordine di creare una audiencia a Santa Fé de Bogotá nel 1549. Inizialmente l'audiencia possedeva il potere esecutivo, ma si rivelò inefficace. Nonostante diversi ispettori reali (visitadores) vennero mandati per migliorare la sua funzione, le prestazioni non aumentarono, quindi il potere esecutivo venne messo nelle mani di un solo ufficiale, il "presidente" dell'audiencia, che diventò anche governatore e capitano generale nel 1564. Per questa ragione, la regione venne chiamata anche come presidencia. Con questi due uffici il presidente controllava il governo civile e il comando militare del Regno. La giurisdizione della Audiencia definì i confini del nuovo regno.
La legge VIII (Audiencia reale e Cancelleria di Santa Fe nel Nuovo Regno di Granada) del titolo XV (delle Audiencias reali e Cancellerie delle Indie) del Libro II di Recopilación de Leyes de las Indias del 1680 - che compila il decreto del 17 luglio 1549; 10 maggio 1554; e 1º agosto 1572 - descrive i limiti e le funzioni della Audiencia.[1]
L'allora governatore-presidente era dipendente in qualche modo dal Viceré del Perù a Lima negli affari amministrativi, ma la lentezza delle comunicazioni tra le due capitali portò alla creazione del vicereame della Nuova Granada nel 1717 (e la sua riformazione nel 1739 dopo una breve interruzione), sotto i re Borboni. Il governatore-presidente di Bogotá diventò il viceré della nuova entità politica.
Fisher, John R., Allan J. Keuthe e Anthony McFarlane, editori. Reform and Insurection in Bourbon New Granada and Peru. Baton Rouge, Louisiana State University Press, 1990. ISBN 978-0-8071-1654-8
Kuethe, Alan J. Military Reform and Society in New Granada, 1773-1808. Gainsville, University Presses of Florida, 1978. ISBN 978-0-8130-0570-6
McFarlane, Anthony. Colombia Before Independence: Economy, Society and Politics under Bourbon Rule. Cambridge, Cambridge University Press, 1993. ISBN 978-0-521-41641-2
Phelan, John Leddy. The People and the King: The Comunero Revolution in Colombia, 1781. Madison, University of Wisconsin Press, 1978. ISBN 978-0-299-07290-2
