Ottone, ancora principe ereditario, venne avviato alla carriera militare nel 1863. Quando Guglielmo I di Prussia venne proclamato Imperatore di Germania il 18 gennaio 1871 alla Reggia di Versailles, il Principe Ottone venne chiamato a rappresentare suo fratello, il quale si era rifiutato di prendere parte alla cerimonia. Lo stesso Ottone, in accoglimento di questa linea politica, prese parte attivamente alle celebrazioni, ma criticò fortemente la celebrazione in una lettera al fratello Re di Baviera, descrivendola come una pura ostentazione di ricchezza e potenza.
L'ostilità dei Wittelsbach nell'accogliere la carica di Imperatore di Germania era data da tre motivi essenziali: il primo la fedeltà alla causa degli imperatori austriaci, i quali tradizionalmente detenevano la carica formale di Re di Germania ed Imperatore del Sacro Romano Impero. Il secondo motivo va invece ricercato nella religione al quale si accorpa anche il terzo: gli Hohenzollern, infatti, oltre ad essere governanti di una nazione protestante (al contrario di Austria e Baviera che erano i baluardi del cattolicesimo in Germania), erano anche una nazione che sovente aveva messo in scacco la potenza dell'ormai decadente ruolo austriaco in Germania e proprio al culmine di questi scontri avevano ottenuto l'elevazione alla carica imperiale.
Ottone divenne successivamente Re di Baviera dopo la deposizione e l'inspiegabile morte del fratello nel 1886. Ad ogni modo, si può dire a ragion veduta che Ottone non governò mai effettivamente come re dal momento che durante tutta la propria vita mai aveva pensato un giorno di salire al trono bavarese. Inoltre, Ottone risentiva di forti problemi mentali e venne pertanto dichiarato insano di mente nel 1875. La causa della sua malattia non venne resa pubblica ed egli venne confinato nel Castello di Fürstenried, sotto supervisione medica, sino alla sua morte, anche se il titolo regale non gli venne mai revocato. Suo zio, Luitpold, prese le redini effettive del governo come reggente sino alla sua morte, sopraggiunta nel 1912, quando Ottone era ancora in vita. A tale carica gli succedette il figlio di Luitpold, Luigi.
Ottone di Baviera come principe ereditario
Il giorno seguente la morte del padre, Luigi depose il cugino Ottone ed assunse a tutti gli effetti la carica di Re di Baviera col nome di Ludovico III. Il parlamento accolse tali disposizioni e concesse gli onori al nuovo monarca il 6 novembre di quello stesso anno.
Con la deposizione di Ottone, inoltre, vennero apportati dei nuovi cambiamenti alla costituzione del Regno bavarese che, a partire dal 4 novembre 1913, prescrisse che qualora il re in carica non risultasse più abile a sostenere il peso della corona per un periodo superiore a dieci anni, questi dovesse essere dichiarato incapace di governare e dovesse essere prescelto un reggente che potesse a tutti gli effetti prendere su di sé la corona bavarese.
Ottone morì l'11 ottobre 1916 e le sue spoglie vennero sepolte nella cripta della Michaelskirche di Monaco di Baviera accanto a suo fratello Ludwig II. Secondo la tradizione bavarese, venne disposto che il cuore del re fosse posto in un'urna di vetro e portato nella Gnadenkapelle di Altötting, tra quelli del fratello e del nonno. Negli anni della sua vita, collezionò un primato rilevante: malgrado che gran parte della sua reggenza l'avesse passata al ritiro, lontano dagli ambienti di corte e dai problemi del paese, Ottone fu in assoluto il Re di Baviera che regnò più a lungo.