Durante el tiempo que el territorio del Nuevo Reino de Granada fue constituido como distrito de una Real Audiencia, estuvo gobernado por un Presidente y hacía parte del Virreinato del Perú.
Los territorios jurisdiccionales de las Audiencias de Santafé y de Quito, y parte de lo que más adelante sería la Capitanía General de Venezuela fueron constituidos como un virreinato por el reyFelipe V entre 1717 y 1724. La capital del virreinato se situó en la ciudad de Santafé. El virreinato se disolvió temporalmente, por razones económicas, entre 1724 y 1740, cuando se reinstauró nuevamente.
Para establecer un gobierno civil en la Nueva Granada, se creó una Real Audiencia en Santafé de Bogotá en 1548-1549, un cuerpo que combinaba la autoridad ejecutiva y judicial, hasta cuando se estableció una presidencia o gobernación en 1564, asumiendo los poderes ejecutivos. En este punto, la Nueva Granada se considerada una Capitanía General del Virreinato del Perú. La jurisdicción de la Real Audiencia se fue extendiendo con el tiempo sobre las provincias circuncidantes que se iban constituyendo alrededor del territorio correspondiente a la Nueva Granada.
Más adelante Santafé se constituiría en la capital del Virreinato de Nueva Granada en 1717, que aunque suspendido en 1724 por problemas financieros, fue reinstaurado en 1739 y continuó hasta la pérdida del poder español sobre los territorios en los años 1810.
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