A finales del siglo XVI, varios exploradores marítimos (Jan Huygen van Linschoten en 1582 y los viajes de Cornelis Houtman en 1592) habían preparado el camino para el viaje de Houtman a Bantam, el principal puerto de la Isla de Java, en (1595-97), en donde consiguió unas pequeñas ganancias. La penetración neerlandesa en las Indias Orientales, que en ese entonces eran territorio de Portugal, fue lenta y discreta.
La Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales, creada en 1602, concentró los esfuerzos comerciales holandeses bajo un solo mando y una sola política. En 1605 barcos mercantes neerlandeses capturaron el fuerte portugués de Amboyna en las Molucas, que constituyó la primera base de la VOC, nombre que dieron los neerlandeses a su compañía. La Tregua de los Doce Años firmada en Amberes en 1609 dio inicio a un cese en las hostilidades entre España (que controlaba Portugal y sus territorios en esa época) y las Provincias Unidas. En las Indias, la fundación de Batavia formó el centro desde el cual las empresas holandesas, más mercantiles que coloniales, podrían ser coordinadas.
Uno tras otro, los neerlandeses tomaron el control de los puertos de las Indias Orientales: Malaca en 1641; Achem (Aceh) en el antiguo reino de Sumatra, 1667; Macassar, 1669 y por último Bantam en 1682. Al mismo tiempo, las conexiones en los puertos de la India proporcionó a los holandeses el algodón que se intercambiaba por pimienta negra.
La gran fuente de riqueza en las Indias Orientales, fue el comercio dentro del archipiélago donde las especias se adquirían con plata originaria de América, más codiciable en Oriente que en Europa. Concentrando los monopolios en las especias, la política neerlandesa fortaleció el monocultivo. Amboina se dedicó al clavo de olor, Timor al sándalo, las islas de la Banda a la nuez moscada y a la pimienta. Esta política de monocultivo conectó las economías de las islas a un sistema en el que todas necesitaban de las otras para satisfacer sus necesidades.
En 1700 un modelo colonial se estableció; la VOC creció hasta convertirse en un estado dentro de un estado y tener un poder dominante dentro del archipiélago. Tras la liquidación de la compañía en 1799, y tras el interregno británico durante las Guerras napoleónicas, el gobierno de los Países Bajos retomó la administración hasta la independencia de Indonesia en 1949 tras la Revolución Nacional de Indonesia.
La ciudad capital de las Indias Orientales Neerlandesas fue Batavia, ahora conocida como Yakarta.
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