Élevé et instruit par les jésuites d'Ingolstadt, Ferdinand était un catholique fervent et zélé, farouche adversaire du protestantisme.
Choisi comme successeur dans ses états héréditaires par son cousin sans descendance, l'empereur Matthias Ier, il devint roi de Bohême en 1617 (et à ce titre un des sept électeurs de l'Empire) puis roi de Hongrie le 1er juillet1618[1]. Pensant pouvoir restaurer le catholicisme dans un royaume où l'on trouvait de nombreux protestants, sa politique autoritaire provoqua une rébellion chez les nobles de Bohême (Défenestration de Prague). Ceux-ci le destituèrent et élurent à sa place Frédéric V du Palatinat.
L'empereur Mathias mourut en 1619; L'élection à la dignité impériale était ouverte.
Le 28 août1619, les sept princes-électeurs élurent Ferdinand comme empereur romain germanique, avant que la nouvelle de sa destitution ne parvînt à Francfort. A 41 ans, Ferdinand poursuivait la carrière impériale de ses prédécesseurs. Bien qu'élective, la couronne impériale était de fait héréditaire dans la Maison de Habsbourg.
Dès lors, la Bohême deviendra propriété personnelle de la Maison de Habsbourg.
Le 13 novembre, les États de Bohême reconnaissent de nouveau Ferdinand comme roi. Celui-ci, pour écraser une fois pour toutes la rébellion, fait décapiter publiquement à Prague, le 21 juin1621, 27 des principaux chefs insurgés.
Fort de sa victoire, Ferdinand II décréta le fameux Édit de Restitution qui ordonnait à tous les protestants de rendre les bénéfices ecclésiastiques qu'ils avaient sécularisés depuis la paix d'Augsbourg.
De l'autre côté du Rhin, Richelieu ne put supporter l'idée de voir se reconstituer l'empire de Charles Quint, du fait des possessions territoriales des Habsbourg. Il prit la suite de ce conflit. Il fut relayé par Mazarin. À la diète de Ratisbonne, deux ambassadeurs de Richelieu, Brulart de Léon et le Père Joseph, retournèrent Maximilien de Bavière et des princes catholiques contre la Maison d'Autriche. La diète s'émut, elle demanda et obtint le rappel de Wallenstein devenu trop puissant et le licenciement de son armée. En licenciant Wallenstein, Ferdinand II avait espéré que les Électeurs nommeraient son fils roi des Romains, lui assurant ainsi la couronne impériale. Les agents français firent encore échouer cette stratégie.
Ferdinand II avait été guidé par son obsession de voir la maison des Habsbourg régner de façon héréditaire sur l'Empire et par son soutien à la Contre-Réforme. Son règne se solda par la perte pour l'Allemagne de la moitié de sa population et ruinera pour les deux cents ans à venir sa puissance politique.
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